Les meilleures apps Shopify pour faciliter sa comptabilité en 2026

Gérer une boutique Shopify, c’est relativement simple tant qu’on parle de produits, de commandes ou de paiements.

Mais lorsque vient le moment de transmettre les bonnes informations à son expert-comptable, les choses peuvent rapidement se compliquer.

Entre les ventes, les remboursements, les frais Shopify Payments, PayPal, les cartes-cadeaux, les différents taux de TVA ou encore les ventes réalisées dans plusieurs pays, un simple export du chiffre d’affaires Shopify ne suffit généralement pas pour tenir une comptabilité propre.

Heureusement, plusieurs applications permettent aujourd’hui d’automatiser une grande partie de ces opérations.

Voici notre sélection des meilleures applications Shopify pour faciliter la comptabilité d’un site e-commerce.

Avant de choisir une app : quel problème cherchez-vous réellement à résoudre ?

Toutes les applications présentées comme des applications de « comptabilité Shopify » ne font pas la même chose.

Il faut notamment distinguer quatre besoins :

• envoyer les ventes Shopify vers votre logiciel comptable ;
• rapprocher les ventes avec les versements reçus en banque ;
• générer des factures et des avoirs conformes ;
• gérer les problématiques de TVA, notamment lors de ventes internationales.

Une boutique réalisant quelques dizaines de commandes par mois en France n’aura évidemment pas les mêmes besoins qu’un e-commerce réalisant plusieurs milliers de commandes dans toute l’Europe.

C’est donc votre organisation comptable qui doit déterminer le choix de l’application, et non l’inverse.

1. Pennylane : la solution française pour centraliser comptabilité et gestion financière

Pour une entreprise française, Pennylane est naturellement l’un des premiers outils à étudier.

Pennylane combine logiciel de comptabilité et plateforme de gestion financière. L’objectif est notamment de centraliser les ventes, les dépenses, les flux bancaires et les pièces comptables afin de faciliter la collaboration entre l’entreprise et son expert-comptable.

Une application Pennylane est disponible sur le Shopify App Store et permet de connecter les deux environnements.

Les avantages

• solution pensée pour les entreprises françaises ;
• comptabilité et pilotage financier réunis dans le même environnement ;
• possibilité pour l’expert-comptable de travailler directement dans Pennylane ;
• connexions avec de nombreuses banques et solutions de paiement ;
• centralisation des dépenses, ventes et justificatifs.

Le point de vigilance

Nous ferions cependant une distinction entre Pennylane en tant que logiciel comptable et son connecteur Shopify natif.

Au moment de la rédaction de cet article, l’application Shopify Pennylane affiche très peu d’avis et plusieurs utilisateurs signalent des difficultés de synchronisation. Il faut donc tester précisément ce qui remonte de Shopify avant de considérer que la connexion règle l’ensemble du workflow comptable. il est possible de passer par un autre connecteur de type “Pennylane via OrderInvoicer” mieux noté.

Pour qui ?

Pennylane est particulièrement pertinent pour une PME française souhaitant centraliser sa comptabilité et travailler dans le même environnement que son expert-comptable.

2. Regulo: probablement la référence pour rapprocher Shopify et la comptabilité

Regulo adopte une approche différente.

Plutôt que d’envoyer chaque commande individuellement dans le logiciel comptable, Reguloest une application 100% Shopify qui va nécessiter une seule fois les “branchement comptable” sur les différents comptes. Une fosi cette étape réalisée, vous aurez à disposition un fichier FEC (format “officiel” ) pour exporter votre comptabilité chez le logiciel de votre choix.

L’application prend en compte les ventes, taxes, remboursements, frais, cartes-cadeaux et autres mouvements avant de les transmettre vers des logiciels de compta

Bien sûr, Regulo s’engage à 100% de conformité avec la réglementation française des factures et est compatible avec la facturation électronique. C’est un peu la Rolls Royce de la facturation , elle est conseillée par de nombreuses agences Shopify .

Les avantages

• rapprochement des versements Shopify ;
• gestion des factures, avoirs, taxes et remboursements ;
• évite d’envoyer inutilement des milliers de commandes dans le logiciel comptable ;
• compatible avec plusieurs grandes solutions comptables ;
• 100% focus France et Shopify.

Au moment de notre vérification, Regulo affiche une note de 5/5 pour environ 30 avis sur le Shopify App Store et démarre à 9 $ par mois.

Pour qui ?

Les marchands voulant une comptabilité au carré tout en travaillant sur Shopify.

Notre avis : probablement l’une des solutions les plus intéressantes pour obtenir une comptabilité Shopify réellement réconciliée avec les versements.

3. Order Printer: le simple PDF

Vous voulez juste éditer des PDF qui ressemblent à des factures mais qui n’en sont pas vraiment ?Alors Order Printer est fait pour vous.

Attention, en France, cette application n’est pas conforme à la réglementation. Pour deux raisons principales : elles ne génèrent pas d’avoir et en cas de modification de commande, le document sera modifié ce qui est contraire à l’inaltérabilité des factures.

Cependant elle est gratuite et permet de dépanner ou peut être utile si vous n’êtes pas basé en France.

4. Axonaut : une solution française tout-en-un pour Shopify

Axonaut est une solution française de gestion d’entreprise qui regroupe plusieurs fonctions : CRM, devis, facturation, trésorerie, gestion des dépenses et préparation comptable.

Pour les marchands Shopify, son intérêt vient surtout de sa capacité à centraliser automatiquement les ventes issues de la boutique dans un environnement de gestion unique.

Axonaut propose en effet une connexion e-commerce avec Shopify permettant de récupérer automatiquement les clients, les ventes, les stocks et les factures.

Les avantages

• solution française adaptée aux TPE et PME ;
• centralisation des ventes Shopify ;
• gestion des devis et factures ;
• suivi des paiements et de la trésorerie ;
• exports comptables configurables ;
• accès dédié pour l’expert-comptable ;
• possibilité de connecter d’autres outils via API, Make ou Zapier.

Axonaut dispose notamment d’un Portail Comptable permettant d’inviter son expert-comptable gratuitement et de préparer différents exports : journaux de ventes, achats, TVA ou rapprochement bancaire.

Une application Shopify tierce permet également de créer automatiquement dans Axonaut des factures à partir des commandes Shopify et de rapprocher certains paiements.

Pour qui ?

Axonaut peut être particulièrement intéressant pour une petite ou moyenne entreprise française qui souhaite éviter de multiplier les logiciels et centraliser une partie importante de sa gestion dans un seul outil.

Il est particulièrement pertinent si Shopify représente l’un des canaux de vente de l’entreprise et que l’on souhaite également gérer dans le même environnement :

• les devis ;
• les factures ;
• les clients ;
• le suivi commercial ;
• la trésorerie ;
• la préparation comptable.

Le point de vigilance

Axonaut n’a pas exactement le même positionnement qu’une solution comme Regulo

Son objectif est avant tout de simplifier la gestion globale de l’entreprise et la transmission des données au comptable, plutôt que de réaliser une réconciliation comptable e-commerce extrêmement fine de chaque versement Shopify Payments.

Pour un marchand réalisant beaucoup de transactions, avec plusieurs moyens de paiement, plusieurs devises ou une architecture internationale complexe, il faudra donc vérifier précisément comment sont traités :

• les frais Shopify Payments ;
• les remboursements ;
• les cartes-cadeaux ;
• les écarts entre chiffre d’affaires et versements ;
• les différents taux de TVA ;
• les ventes multidevises.

Notre avis : une solution très cohérente pour une PME française qui cherche un outil de gestion tout-en-un connecté à Shopify

Notre conseil : définissez le flux comptable avant de choisir l’application

Avant d’installer une application Shopify, posez-vous cinq questions :

1. Quel logiciel utilise votre expert-comptable ?
2. Faut-il transmettre les commandes individuellement ou de façon consolidée ?
3. Comment sont rapprochés les versements Shopify Payments avec les ventes ?
4. Comment sont traités les remboursements, frais de paiement et cartes-cadeaux ?
5. Avez-vous des problématiques particulières de TVA, de B2B ou de ventes internationales ?

À partir de ces réponses, l’architecture technique devient généralement beaucoup plus évidente.

Chez Pikka, nous accompagnons régulièrement des marchands Shopify sur leurs problématiques de migration, d’intégration et d’automatisation.

Ecrit par
Compta Facile

Compta-Facile est le site de référence sur la comptabilité des entreprises, l'expertise comptable et les prévisions financières.